Историята на първото общинско училище в Самоков започва в 1800 г., когато Митрополит Филотей построил със свои средства сграда в двора на митрополията. За 16 години то се оказало тясно и недостатъчно да побере всички жадни за знание деца. Ето защо в 1816 г. било направено разширение на вече остарялото училище. До тази година старото училище било издържано от приходите на митрополитската църква. След 1816 г. от църковната каса бил образуван училищен бюджет. Той бил воден в църковната кондика отделно от църковните сметки. При оттеглянето си от поста Митрополит Филотей дарил на училището 20 000 гроша и една ливада под Продановци. Завещал и още пари за безплатно обучение на децата и заплата на учителите. До 1858 г. този свещен завет бил спазван.
Първите учители били проигумен Герасим и йеромонасите Софроний, Йоаким, Хаджи Йоаким Кършовски и др. Дългогодишен училищен настоятел от 1816 до 1838 г. бил Иван Тумпарата, той водел бюджета на общинското училище.
От голямо значение за самоковци било учителствуването на известния книжовник и просветител Неофит Рилски. Учителствал в общинското училище четири години и половина от края на 1826 до май 1831 година.
По време на неговия престой става ясно, че самоковското общинско училище не е било килийно, а се е доближавало по програма до елиногреческите, но с тази разлика, че в него наред със старогръцкия и новогръцкия език бил изучаван и славянски. Макар, че бил манастирски духовник Неофит Рилски въвеждал децата в някой положителни науки. По време на престоя си в града, той спечелил сърцата на хората. Превърнал се в център около който се групирали любознателните, родолюбиви млади хора. Той раздвижил техните умове и оставил своите ученици Захари Зограф, Никола Тонджаров, Сотир Чавдаров, Кесарий Василиев, Димитър Смрикаров, Захари Круша и много други като свои наследници в пpосветната дейност.
В 1834 г. е въведена взаимоучителната метода на Никола Тонджаров. Той учителствувал в училището до 1842 г., като през последните шест години учил на пясък и по таблици. От 1838 г. по-големите ученици изучавали аритметика, славянска и гръцка граматика, пеене и катехизис и др.
По едно описание на Христо Семерджиев разбираме, че класната стая била много голяма и побирала 300 ученика. В средната част на стаята била разположена катедрата, масата и два сандъка с пясък, по които пишели с пръчки и чиновете. Таблиците били окачени на стените. Имало и специален училищен правилник, съставен навярно по време на учителствуването на Неофит Рилски.
В средата на 50-те години на ХІХ век било извършено цялостно обновление но общинското училище. Средствата били събирани от родолюбиви самоковци. Имената на тези дарители били отбелязани на ктиторски надпис, поставен над вратата на училището. Училищната сграда имала общо седем стаи. Училището разполагало с голям двор, с чешма и просторна овощна градина. По това време училището се обособило като класно.
– 1858 г. бил открит втори клас
– 1860 г. трети
– 1874 г. четвърти
От 1838 г. до 1915 г. училищни настоятели били Алеко Сахатчията и Стоян Мумджията. От 1853 г. били избирани училищни епитропи за срок от една година.
По това време такива били Захари Зограф, З. Велин и др. Училищният бюджет възлизал на 64 505 гроша.
В 1860 г. в училището идва като главен учител Тодор Пеев. На 1 януари 1861 г. по подобие на софийския училищен правилник той съставил 16 главни правила на самоковското общонародно българско училище. Те били написани на дъска и поставени на видно място.
На 11 май 1860 г. за първи път по най-тържествен начин бил празнуван празникът
на славянските просветители. Свещениците извършили тържествен водосвет пред сградата на училището.
По взаимната метода училището работило около 35 години. В 1870 г. била възведена гласната метода на обучение. След Освобождението учители били Сп. Шандалов, Ат. Антикаров, Вл. Геров и Йосиф Мърквик, който в 1882 г. образувал двугласен хор с учениците. През 1883 г. Иван. Иванов създал черковен хор от 35 ученика. От 1885 г. до 1889 г. учител в училището бил известният самоковец Христо Максимов.
От 1891 г. като учител по пеене бил назначен Иван Клинков. Освен църковен имало и голям училищен хор. Организиран бил и цигулков оркестър от учители. Един от изтъкнатите ученици на Клинков бил известният музикант и фолклорист Васил Стоин.
През 1899 г. Цар Фердинанд посещава училището и подарява 100 лева за ученически помагала.
– 1902 г. било закупено първото пиано с волни помощи
– 1905 г. се отваря пети клас
– От 1908 г. до 1919 г. училището съществува като първа мъжка гимназия
– От 1919 г. като смесена прогимназия.
По искане на Самоковската община и училищното настоятелство през 1922 г. се определя комисия, която да предложи място за две нови училища.
През 1927 г. става освещаването на патрона на училището с традиционния водосвет. Присъства Н. В. Цар Борис ІІІ, княгиня Евдокия и военният министър Вълков.
През 1936 г. наследниците на Марийка и Христо Зографски даряват на самоковското училищно настоятелство 30 000 лв. и така създават фонд „Марийка и Христо Зографски“. Лихвата от внесената сума била използвана за закупуване на учебници за бедните ученици от училището.
Минавайки през годините не можем да не отбележим приноса на ОУ „Св. Св. Кирил и Методий“ за града ни. Години наред то е изпращало поколение след поколение. Като наследство е оставило трайни спомени за всички работили и учили в него.
Многобройните срещи, участия в олимпиади, тържества и спортни празници са като незабравим спомен за всеки, който с любов си спомня за първото училище.
И ако миналото на това училище свързваме с формирането на самоковската интелигенция още от най-далечните години на турското робство, то днес по- голяма част от стопанските ръководители в града ни и част от учителите му са възпитаници на училището.
В момента в училището се обучават 268 ученици разпределени в 14 паралелки 1 – 7 клас.